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冷凍電鏡分辨率達(dá)2.2Å 促藥物研發(fā)進(jìn)入新時(shí)代

[2015/5/14]

  科學(xué)家們用冷凍電鏡(cryo-EM)成像了代謝酶與其抑制劑的結(jié)合,獲得了空前的高分辨率。他們認(rèn)為,這種技術(shù)將為藥物研發(fā)帶來(lái)一場(chǎng)革命。

  了解一個(gè)酶與藥物結(jié)合時(shí)的精確結(jié)構(gòu),就可以更好的設(shè)計(jì)藥物來(lái)阻斷或者增強(qiáng)酶的活性。美國(guó)國(guó)立癌癥研究所NCI(隸屬NIH)的Sriram Subramaniam博士領(lǐng)導(dǎo)研究團(tuán)隊(duì),對(duì)β-半乳糖苷酶(beta-galactosidase)及其抑制子PETG(phenylethyl-beta-D-thiogalactopyranoside)進(jìn)行了高分辨率成像(2.2 Å),并將結(jié)果發(fā)表在五月七日的Science雜志上。

  “以成像人類蛋白為基礎(chǔ)的藥物研發(fā)進(jìn)入了新時(shí)代,”NIH主管Francis S. Collins博士說(shuō)�!敖铀降牡鞍捉Y(jié)構(gòu),為理解細(xì)胞過程提供了極為詳細(xì)的信息�!�

  藥物研發(fā)人員往往要分析小分子與蛋白質(zhì)的相互作用,而且分辨率越高越好�,F(xiàn)在Subramaniam等人達(dá)到了cryo-EM成像迄今為止的最高分辨率(2.2 Å),此前只有X射線晶體衍射達(dá)到過這種水平的分辨率。這能為人們提供足夠的結(jié)構(gòu)信息,進(jìn)行更好的藥物研發(fā)。

  用cryo-EM進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析時(shí),需要在液氮溫度下瞬間冷凍蛋白質(zhì)懸液,讓蛋白質(zhì)分子周圍的水分保持類似液體的狀態(tài),然后再通過成像解析蛋白分子的三維結(jié)構(gòu)。1995年,Richard Henderson曾作過一個(gè)大膽的預(yù)測(cè):在理想條件下,冷凍電鏡(cryo-EM)檢測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)應(yīng)該可以達(dá)到3 Å的分辨率。現(xiàn)在研究者們已經(jīng)成功突破了這一理論極限。

  “cryo-EM技術(shù)允許我們成像相對(duì)較小的蛋白,在接近天然環(huán)境的條件下獲得高分辨率結(jié)構(gòu),蛋白結(jié)構(gòu)不受結(jié)晶過程的影響。這些優(yōu)勢(shì)使其成為了革命性的技術(shù),”Dr. Subramaniam說(shuō)。

  研究人員用大約四萬(wàn)張分子圖像,建立了β-半乳糖苷酶結(jié)合PETG的結(jié)構(gòu)模型。他們明確了PETG的結(jié)合位點(diǎn),揭示了復(fù)合體中的離子和水分子,獲得了極為詳細(xì)的氨基酸排列。

  Dr. Subramaniam及其同事近年來(lái)用cryo-EM研究了一系列有重要醫(yī)學(xué)意義的分子,比如HIV的包膜糖蛋白以及腦細(xì)胞中的谷氨酸受體。而這項(xiàng)研究是分辨率最高的一次結(jié)構(gòu)分析。

  “Cryo-EM逐漸成為了結(jié)構(gòu)生物學(xué)和癌癥藥物研發(fā)中的強(qiáng)大工具,” NCI 的Douglas Lowy說(shuō)。“就算是難以結(jié)晶的蛋白,Cryo-EM也很容易獲得高分辨率的三維結(jié)構(gòu)�!�