�、貾CR菌種鑒定法。用各種分枝桿菌特異性引物對標(biāo)本DNA進(jìn)行一系列PCR擴(kuò)增或多重PCR擴(kuò)增，根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物所產(chǎn)生的特異性片段進(jìn)行鑒定;或先用分枝桿菌屬特異的外部引物擴(kuò)增，然后再用菌種特異的內(nèi)部引物進(jìn)行巢氏擴(kuò)增鑒定。該法靈敏、快速，但目前能夠鑒定的菌種尚不多，主要有MT、牛分枝桿菌、MT復(fù)合群、鳥分枝桿菌、副結(jié)核分枝桿菌和麻風(fēng)分枝桿菌。

　�、赑CR-直接測序鑒定法。用分枝桿菌屬特異的引物對標(biāo)本的16SrRNA或65ku抗原基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后直接測定擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列，比較其核苷酸的差異來鑒定菌種。但該方法無法鑒別少數(shù)分枝桿菌，而且技術(shù)要求高，需昂貴的特殊儀器，而難以推廣。

　�、跴CR-DNA探針鑒定法：用分枝桿菌屬特異的引物對標(biāo)本中分枝桿菌16S或16S一23SrDNA進(jìn)行擴(kuò)增，然后與各種分枝桿菌特異的寡核苷酸探針進(jìn)行反向斑點雜交或微孔板反向雜交鑒定菌種。該法較靈敏、快速，但目前只能鑒定部分菌種。

　�、躊CR-限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP)鑒定法。PCR-RFLP菌種鑒定法是以分枝桿菌屬特異性引物對標(biāo)本中分枝桿菌6Sku蛋白編碼基因、16S或16-23SrDNA進(jìn)行擴(kuò)增，然后用不同的限制性內(nèi)切酶消化擴(kuò)增片段，通過電泳分析酶切圖譜來鑒定菌種。目前只能鑒定部分菌種，重復(fù)性還不夠理想。

　　祖燕、張國龍等以DR為基礎(chǔ)的Spoligo typing DNA指紋方法參照“SPOLIGO TYPlNG”一書。合成43種特異的DR間隔區(qū)短核苷酸序列，并將它們依次按順序固化于Bio-dyneC膜(PallBiosupport公司)上，一般按膜大小固化數(shù)十排，以便可以同時完成多個臨床標(biāo)本的Spoligotyping鑒定工作。然后用新鮮配制的16%的EDAC(Sigma公司)溶液激活固化好的生物膜，將生物膜裝置于Miniblotter MN45中待用。

　　PCR擴(kuò)增結(jié)核分枝桿菌基因組DNA上的重復(fù)元件DR之間的序列，引物為

　　DRa：5’-GGTTTTGGGTCTGACGAC-3’

　　DRb：5’-CCGAGAGGGGACGGAAAC-3’

　　且DRa 5’末端標(biāo)記有生物素。將PCR產(chǎn)物置于固定在MiniblotterMN45中的BiodyneC膜上，增強(qiáng)化學(xué)發(fā)光試劑盒使之雜交、顯色，結(jié)果即為結(jié)核分枝桿菌Spoligotyping的DNA指紋圖譜。

　�、軵CR-單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析(PCR SSCP)初步菌種鑒定法。PCR-SSCP技術(shù)是目前最廣泛應(yīng)用的一種根據(jù)單鏈DNA構(gòu)象差別快速、靈敏地檢測基因變異的方法。由于16SrRNA 123～275位核苷酸是分枝桿菌屬高度變異的區(qū)域，不同種分枝桿菌DNA單鏈的空間構(gòu)象不同，電泳后片段的遷移率也就不同，從而呈現(xiàn)出不同的圖譜，最終建立了新的PCR-SSCP分枝桿菌分子菌種鑒定方法。應(yīng)用該方法能夠鑒別MT復(fù)合群和NTM，NTM菌種之間的鑒別尚在研究之中。

　　⑥PCR-基因芯片鑒定法。基因芯片技術(shù)是指將大量核酸分子以預(yù)先設(shè)計的方式固定在載體上，檢測帶標(biāo)記的待測樣品DNA，是一種大規(guī)模分析遺傳差異的新方法。目前少數(shù)實驗室利用分枝桿菌16S rRNA或rpoB基因某些位置上的分枝桿菌屬或種特異的核苷酸變化，研究通過雜交測序鑒定分枝桿菌菌種。