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如何挑選凝膠成像要訣

[2011/7/27]

  Introduction

  過去,研究人員為了確保凝膠結果完美需要進行辛苦的工作:通過不斷重復進行保存凝膠,或者凝膠存檔(a record of the gel)的工作,在記錄他們辛辛苦苦得來的凝膠結果上花費了許多時間和精力。然而今天的我們已經不再需要如此手工化的操作了,我們可以利用許多商品化的凝膠成像系統(tǒng)快速而準確的記錄下實驗結果,并且可以方便地獲得分析和組織實驗的數據。而且凝膠成像系統(tǒng)也已經不僅僅是作為一種凝膠記錄的手段,普遍應用于蛋白、DNA的凝膠記錄中了,更是一種印跡分析,數據獲得的方式。

  不管是什么用途,剛開始的時候凝膠成像系統(tǒng)的組件都是相似的。Alpha Innotech的產品經理Hanh Lee就曾說,“表面上看來,所有的凝膠成像系統(tǒng)看上去和操作起來很相似:它們都有一個相機、一個黑暗的‘圍欄’與獲取和分析凝膠圖片的軟件�!钡牵钊氲倪M行了解,你就會發(fā)現大部分凝膠成像系統(tǒng)提供了不同的產品特性來滿足不同科學研究的需要。

  要挑選一個合適的凝膠成像系統(tǒng),各人需要根據目前的預算和將來研究需要來決定,市場上有眾多的類型和型號可供選擇,但是大家要務必記住經常留意最新的產品動向——快速發(fā)展的光學技術和成像分析軟件也許能實現你以前想都不敢想的方便操作。

  A range of specifications for far-ranging needs

  首先值得一提的當然是分別在在2004年和2006年獲得凝膠成像分析系統(tǒng)生命科學產業(yè)獎的Bio-Rad公司的產品,Bio-Rad公司提供了各種不同的產品特性滿足客戶的不同科學研究需要。例如,Bio-Rad公司的ChemiDoc XRS系統(tǒng)就是為高分辨率的化學發(fā)光和熒光成像用途設計的。該系統(tǒng)的特點包括:1.3兆的超級冷卻CCD照相機、一個緊密不透光的暗室、一個滑行的透射儀、一個的由軟件控制變焦、聚焦、光圈、實時成像和動態(tài)平場處理的伸縮鏡頭。該公司還提供另外一種更基礎用途的型號Gel Doc XR,主要用于快速高分辨率成像,但沒有化學發(fā)光成像功能。該系統(tǒng)包含一個暗室、一個1.4兆像素的CCD照相機、UV和白光照明、琥珀色濾光玻片和UV防護罩。Gel Doc XR系統(tǒng)也可以升級為ChemiDoc XRS系統(tǒng),兩種系統(tǒng)都包含了圖像獲取和分析軟件 ——Quantity One。雖然像ChemiDoc XRS等系統(tǒng)的高科技特性對于新用戶來說聽起來有點不習慣,但是Bio-Rad公司的CCD成像技術產品經理Jill Raymond表示,“Bio-Rad的凝膠成像系統(tǒng)的關鍵特點就是設計的簡易性——幾乎能滿足所有顧客的需要�!�

  Bio-Rad公司還提供兩種分辨率更高和靈敏度更好的凝膠成像系統(tǒng)型號:VersaDoc Model 4000和VersaDoc Model 5000。VersaDoc Model 4000系統(tǒng)具備一個3.2兆像素的CCD相機,提供了最佳的分辨率。該系統(tǒng)尤其適用于蛋白組分析,例如可以利用Quantity One 1-D分析軟件來估計蛋白樣品的分子量和數量,也可以利用PDQuest 2-D分析軟件來分析蛋白表達產物的差異。

  VersaDoc Model 5000系統(tǒng)則運用了高級的量子效應、藍光增強的CCD相機,該相機通過過冷光源(supercooled)來優(yōu)化低亮度情況下的圖片成像。通過Quantity One 1-D分析軟件就能輕松估計樣品的豐度差異。

  知名的Alpha Innotech公司在科學研究和預算要求方面也提供了廣泛的,可供選擇的產品,比如目前相對新型和高端的產品——FluorChem SP,這是一種可以用于化學發(fā)光、熒光、和可見光應用的產品。

  Alpha Innotech公司宣稱通過FluorChem SP,希望能設定近期發(fā)展起來的電子致冷型CCD(cooled CCD camera)相機技術的行業(yè)標準,包括分辨率、靈敏度、動態(tài)范圍和性能等方面的標準。而且Alpha Innotech也相信他們公司提供的相機產品的規(guī)格有著其他公司不能比擬之處:高分辨率(科學研究級的CCD)、4兆象素、低信噪比、低暗電流(dark current)、絕對的和可調的制冷溫度(用于更高端的系統(tǒng))。

  除了4兆象素的分辨率外,FluorChem SP還提供了Alpha Innotech公司的AlphaEaseFC軟件。其特有的算法通過三維圖像輪廓成像、圖像銳化和降低信噪比等技術改進了成像分辨率。AlphaEaseFC軟件提供了可以簡單易用的單擊完成1D泳道分析、2D點密度、MW/Rf(分子量/遷移率)計算、克隆和細胞計數、微量滴定盤分析、芯片分析、物距測量和凝膠評分等功能。

  另一方面,Alpha Innotech公司也提供給用戶一種經濟實惠的選擇——入門級的AlphaDigiDocRT 2產品,這是一種實時的凝膠成像系統(tǒng),只要具備一臺電腦(通過USB連接)、一臺UV透射儀就能使用。當然這是一種stand-alone版的成像產品,也就意味著它不具備一些昂貴的系統(tǒng)提供的許多圖像分析選項。

  AlphaDigiDocRT 2具有高達8兆的分辨率(8位灰度或者24位彩色成像)、在軟件控制下具有4倍的光學變焦和自動聚焦等性能。該系統(tǒng)還包含了AlphaEaseFC圖像獲取軟件,用于控制變焦、自動聚焦、分辨率和曝光時間,含有自動圖像增強和數據管理工具,除此之外AlphaDigiDocRT 2外形小巧,經濟實惠,是小型和擁擠的實驗室的理想選擇之一。

  The importance of upgradeability

  假如你現在就需要一臺凝膠成像系統(tǒng),雖然目前你們實驗室很小并且預算很緊,或者你不需要很多花俏的凝膠成像系統(tǒng)的功能,但是預知將來可能會需要更多復雜的性能的時候,最好購買一臺能允許你升級到滿足你將來需要的凝膠成像系統(tǒng)。

  有一些公司提供了這種服務,比如Alpha Innotech公司——任何顧客購買了帶有DE-500操作室的入門級凝膠成像系統(tǒng),就對系統(tǒng)進行升級而不需要買一套全新的系統(tǒng)。另外以上提到的Bio-Rad公司的GelDoc XR 和ChemiDoc XRS也是可升級的系統(tǒng)。

  除此之外,Kodak公司的分子成像系統(tǒng)就其高級市場專員Allison Sova的表述:“Kodak公司的Gel Logic的凝膠成像系統(tǒng)家族使得研究者能選擇目前所需要的性能,并且可以將來可以經濟而簡易的升級系統(tǒng)以滿足將來的需要。簡單的來說,Kodak公司提供給研究者更大的靈活性來滿足他們實驗室對成像能力不斷增加的要求”,也是一種可以升級的系統(tǒng)。

  Kodak’s Gel Logic 100是Kodak公司的基礎型成像系統(tǒng),它包含一個1兆象素的數碼CCD相機、一個Gel Logic成像操作室、一個溴化乙錠帶通濾波器。并且Kodak公司award-winning Molecular Imaging軟件提供了其他成像系統(tǒng)所沒有的特性,該軟件可以在Mac操作系統(tǒng)或者Windows操作系統(tǒng)中使用。假如Gel Logic 100系統(tǒng)還不能滿足你的需要,Kodak公司還提供了完整系列的數碼凝膠成像和印跡成像系統(tǒng)——DNA 和 RNA凝膠成像,或者蛋白凝膠、印跡、或者平板成像等。

  比如Gel Logic 2200數碼成像系統(tǒng),Gel Logic 2200數碼成像系統(tǒng)是Kodak公司頂級的凝膠成像系統(tǒng)。 Gel Logic 2200運用了2.2兆像素致冷型CCD相機,適用于更高靈敏度的化學發(fā)光和低亮度熒光檢測,該系統(tǒng)還整合了白光和紫外光光源。Kodak公司稱,該系統(tǒng)能檢測皮摩爾至飛摩爾水平的熒光信號,達到與放射性自顯影膠卷一樣的靈敏度。

  另外,大范圍生產凝膠成像系統(tǒng)的廠商還有Syngene——Synoptics公司的一個分公司。Synoptics公司的Paru Oatey說“基本上你可以根據研究需要和經費預算來選擇相機、光源和濾光鏡等配置,這將確保不會在一個系統(tǒng)中不需要的部件上花費多余的錢。”

  InGenius是Syngene公司的低預算型凝膠成像產品,可以根據選擇不同的相機達到不同的分辨率。InGenius系統(tǒng)小巧易用,包括一個暗室,一個0.3-2兆像素的CCD相機(視型號而定)。

  G Box是該公司的另一個高端產品,一個更先進的凝膠成像和分析系統(tǒng)。該系統(tǒng)可以根據不同的應用選擇三種不同分辨率的CCD相機,可以選擇自動伸縮鏡頭或者手工鏡頭,電腦驅動或者手動濾光選擇器,根據不同用途的光源選擇,符合人體工程學外形設計的暗室。Syngene公司最近推出了一款高分辨率的G Box型凝膠成像產品——G Box Chemi XT16,該系統(tǒng)具有一個超致冷型、低噪音、高分辨率的4兆像素的CCD相機,適合靈敏的化學發(fā)光用途。除了自帶的暗箱外,系統(tǒng)還包括安置在頭頂的白光和紫外光透射光源。每一臺G Box系統(tǒng)都提供了GeneTools分析軟件,該程序能使許多單調乏味的工作自動完成,例如分子量分析和點帶匹配等。